Proteomika

Rólunk

A proteomika az egyik legizgalmasabb és legdinamikusabban fejlődő kutatási terület napjainkban. Miután a genom szekvenciák rengeteg kérdésre nem adnak választ, számos új vegyületcsoport került a rendszerbiológiai kutatások célkeresztjébe. A proteomika kisebb-nagyobb fehérje komplexek, sejtorganellumok, sejtvonalak, szervek, sőt egyedek fehérje-összetételét, szerkezeti átalakulásait, biológiai funkcióit, kölcsönhatásait, kvalitatív és kvantitatív változásait próbálja jellemezni. Ennek a kutatásnak egyik legfontosabb eszköze a tömegspektrometria, amely éppúgy alkalmas nagy érzékenységű fehérje-azonosításra, mint de novo szekvenálásra, poszt-transzlációs módosítások jellemzésére, kovalens jelölések helyének és kémiai szerkezetének meghatározására, és így pl. egy fehérje térszerkezetének feltárására, sőt intakt fehérje-populációk jellemzésére is. A kvalitatív vizsgálatok mellett egyre nagyobb szerepet játszanak az átfogó kvantitatív analízisek.

Számos hazai és külföldi kutatócsoport számára biztosítjuk a szükséges proteomikai hátteret. A biológiai mintaelőkészítést együttműködő partnereink végzik, a mi feladatunk az analitikai mintaelőkészítés, a tömegspektrometriai mérések és az adatok kiértékelése. Az együttműködés ideális esetben a kísérletek közös tervezésével kezdődik, ami a tömegspektrometriával kompatibilis minták előállításán túl a megfelelő mintaszám megvitatására és kontroll minták kiválasztására is kiterjed. Bejáratott módszerünk van protein-komplexek izolálására. Foglalkozunk különböző bonyolultságú fehérjeelegyek, többek között az izolált komplexek, kvalitatív és kvantitatív analízisével, ez magában foglalhatja bizonyos poszt-transzlációs módosítások jellemzését is. Van tapasztalatunk diszulfid-hidak, proteolitikus hasítási helyek, ubikvitinálás, foszforiláció és glikoziláció jellemzésében. Több mint egy évtizede folytatunk sikeres módszerfejlesztést extracelluláris mucin-típusú O-glikoziláció kutatására.

Technikák

Műszerek

Orbitrap Fusion Lumos Tribrid (Thermo)

Orbitrap Elite (Thermo)

Válogatott

Szolgáltatásaink

Mintaelőkészítés

  • Fehérjekomplexek affinitás-izolálása ko-immunprecipitációval
  • Fehérjék proteolízise oldatban, vagy gélszeparált mintákban különböző endoproteázokkal (tripszin, kimotripszin, endoproteináz GluC, endoproteináz LysC)
  • Magas pH-jú reverz fázisú kromatográfia komplex peptidminták frakcionálására
  • Peptidek stabil izotópos jelölése (TMT) relatív mennyiségi meghatározáshoz
  • Peptidminták tisztítása C18 szilárd fázisú extrakcióval
  • Foszfopeptid-izolálás immobilizált fém-affinitás kromatográfiával

Tömegspektrometriás analízis és adatértelmezés

  • Fehérjekomplexek affinitás-izolálása ko-immunprecipitációval
  • Fehérjék proteolízise oldatban, vagy gélszeparált mintákban különböző endoproteázokkal (tripszin, kimotripszin, endoproteináz GluC, endoproteináz LysC)
  • Magas pH-jú reverz fázisú kromatográfia komplex peptidminták frakcionálására
  • Peptidek stabil izotópos jelölése (TMT) relatív mennyiségi meghatározáshoz

Cikkeink

Válogatott publikációk

Munkatársak

DARULA Zsuzsanna

tudományos főmunkatárs

HUNYADI-GULYÁS Éva

tudományos főmunkatárs

KLEMENT Éva

tudományos munkatárs

PAP Ádám

tudományos munkatárs

PETTKÓ-SZANDTNER Aladár

tudományos munkatárs

BÁLÓNÉ ÁRVA Ágnes

laboráns