Oligonukleotid Szintézis Laboratórium

Rólunk

Laborunk kémiailag módosított DNS- és RNS-oligonukleotidok tervezésével és előállításával foglalkozik. Elsősorban az intézetben dolgozó biológus kollégák kutatásait támogatjuk olyan molekulákkal, amelyek kereskedelmi forrásból nehezen, lassan vagy csak jelentős költséggel szerezhetők be.

Miben segíthetünk?

A biológiai kísérletekhez gyakran nem elég a természetes szerkezet: a kémiai módosítások stabilitást, jelölhetőséget vagy új funkciót adnak a molekuláknak. Ilyen molekulák szintézisét vállaljuk:

  • Stabilizált oligonukleotidok: foszforotioát-kötések, 2'-módosítások (pl. 2'-O-metil, 2'-fluor) a nukleázokkal szembeni ellenállás növelésére.
  • Jelölt molekulák: fluoreszcens festékek, kioltók, biotin és más riportercsoportok beépítése
  • Funkcionalizált oligonukleotidok: reaktív csoportok (pl. amino- vagy tiolcsoport, click kémiára alkalmas végek) a további konjugáláshoz
  • Nem természetes bázisok és módosított nukleozidok beépítése speciális kérdésfeltevésekhez.
  • Egyedi megoldások: olyan kísérleti igényekre is nyitottak vagyunk, amelyek túlmutatnak a standard katalógusokon. Az egyedi megoldások sikerességét az SZTE Orvosi Vegytani Intézet Nukleinsav Laboratóriumával működő szoros együttműködésünk biztosítja.

Hogyan dolgozunk?

A szintézist szilárd fázisú foszforamidit-kémiával végezzük, a nyers termék tisztítása és minőségellenőrzése után kapják kézhez a kollégák a kész molekulát. A közös gondolkodást már a tervezési szakaszban fontosnak tartjuk: segítünk kiválasztani azt a módosítási stratégiát, amely a kísérlet céljának leginkább megfelel, és a gyakorlati szempontokat (stabilitás, oldhatóság, költség, határidő) is figyelembe veszi.

Miért érdemes velünk dolgozni?

  • Az intézeten belül vagyunk, így a kommunikáció gyors, a konzultáció személyes
  • Kis mennyiségű, egyedi igényű szintézisekre is nyitottak vagyunk
  • A kémiai és a biológiai szempontokat együtt tudjuk mérlegelni
  • Rugalmasan tudunk reagálni a kutatás menet közbeni változásaira

Kapcsolat

Ha felmerült egy kísérletben módosított DNS vagy RNS igénye, vagy csak szeretnétek egyeztetni a lehetőségekről, keressetek bizalommal! [ferenc.gyorgyi@brc.hu] [telefonszám: 702; szobaszám: 337]

Cikkeink

Válogatott publikációk

  • Kupihár Z et al. (2023) Improved Metal-Free Approach for the Synthesis of Protected Thiol Containing Thymidine Nucleoside Phosphoramidite and Its Application for the Synthesis of Ligatable Oligonucleotide Conjugates, PHARMACEUTICS 15 : 1 p. 248
  • Szeltner, Z. et al. (2023) Probing telomeric-like G4 structures with full or partial 2′-deoxy-5-hydroxyuridine substitutions, BIOCHIMIE 214 : Part A pp. 33-44. , 12 p.
  • Ferenc, G et al (2005) A convenient method for the synthesis of oligonucleotide-cationic peptide conjugates NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS 24 : 5-7 pp. 1059-1061. , 3 p.
  • Kovacs, G et al. (2003) Synthesis and NIS analysis of thiazolium and pyridinium derivatives of peptide nucleic acids (PNAs) and peptides NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS 22 : 5-8 pp. 1301-1303. , 3 p.
  • Kupihar, Z et al (2003) A Novel and Convenient Method for the Synthesis of Free 5′-Thiol Modified Oligonucleotides NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS 22 : 5-8 pp. 1297-1299. , 3 p.
  • Kovacs, G et al (2002) Synthesis and analysis of peptide nucleic acid oligomers using Fmoc/acyl-protected monomers JOURNAL OF THE CHEMICAL SOCIETY-PERKIN TRANSACTIONS 1 2002 : 10 pp. 1266-1270. , 5 p.
  • Novák, T. et al. (2025) Using polarization sensitive SMLM to infer the interaction strength of dye-plasmonic nanosphere systems OPTICS COMMUNICATIONS 574 Paper: 131147 , 10 p.
  • Albert, P et al (2024) Conversion of the CG specific M.MpeI DNA methyltransferase into an enzyme predominantly methylating CCA and CCC sites NUCLEIC ACIDS RESEARCH 52 pp. 1896-1908. , 13 p. (2024)
  • Nagy, B et al. (2023) CRISPR/Cas9 Mutagenesis through Introducing a Nanoparticle Complex Made of a Cationic Polymer and Nucleic Acids into Maize Protoplasts INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 24 : 22 Paper: 16137 , 12 p.
  • Bashir, F et al. (2022) Viable protoplast formation of the coral endosymbiont alga Symbiodinium spp. in a microfluidics platform LAB ON A CHIP 22 : 16 pp. 2986-2999. , 14 p.
  • Rádi, F et al. (2021) In planta test system for targeted cellular mutagenesis by injection of oligonucleotides to apical meristem of maize seedlings ACTA PHYSIOLOGIAE PLANTARUM 43 : 5 Paper: 79 , 9 p.
  • Tóth, E et al. (2020) Mapping Fluorescence Enhancement of Plasmonic Nanorod Coupled Dye Molecules NANOMATERIALS 10 : 6 Paper: 1048 , 17 p.
  • Bugris, V et al. (2019) Radiation-damage investigation of a DNA 16-mer JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION 26 pp. 998-1009. , 12 p.
  • Szili, P et al. (2019) Rapid Evolution of Reduced Susceptibility against a Balanced Dual-Targeting Antibiotic through Stepping-Stone Mutations. ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY 63 : 9 Paper: e00207-19 , 15 p.
  • Nyerges, A et al. (2018) Directed evolution of multiple genomic loci allows the prediction of antibiotic resistance. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 115 : 25 pp. E5726-E5735. , 10 p.
  • Tiricz, H. et al. (2018) Relaxed chromatin induced by histone deacetylase inhibitors improves the oligonucleotide-directed gene editing in plant cells JOURNAL OF PLANT RESEARCH 131 : 1 pp. 179-189. , 11 p.

Munkatársak

FERENC Györgyi

tudományos munkatárs

laboráns